{"id":1335,"date":"2017-05-19T11:12:03","date_gmt":"2017-05-19T09:12:03","guid":{"rendered":"https:\/\/sperimentando.com\/?p=1335"},"modified":"2017-07-01T17:49:48","modified_gmt":"2017-07-01T15:49:48","slug":"sequenza-alu","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/sperimentando.com\/?p=1335","title":{"rendered":"Sequenza Alu"},"content":{"rendered":"

Facciamo una PCR “in silico<\/em>” per isolare la sequenza Alu di nostro interesse<\/h2>\n

Cliccate su questo link per accedere al programma BLAST<\/a>. Questo programma vi consente di confrontare fra loro delle sequenze biologiche e di confrontarle con tutte le sequenze presenti nella banca dati internazionale delle sequenze note.<\/p>\n

Facciamo una PCR virtuale cercando le sequenze dei nostri primer di interesse sulle sequenze di genoma umano presenti in banca dati.<\/p>\n

Queste sono le sequenze dei primer che abbiamo usato nel nostro esperimento:<\/p>\n

5′- GGATCTCAGGGTGGGTGGCAATGCT-3′ (forward primer )<\/p>\n

5′- GAAAGGCAAGCTACCAGAAGCCCCAA-3′ (reverse primer )<\/p>\n

Nella pagina iniziale del programma Blast<\/a> scegliete la versione utile a confrontare i nucleotidi fra loro (Nucleotide Blast<\/a>).<\/p>\n

Quando sarete nell’interfaccia “Blast n” incollate le sequenze dei primer nella finestra “Enter Query Sequence” facendo attenzione ad incollare le sole sequenze di lettere che rappresentano i nucleotidi (eliminate\u00a05′- e\u00a0-3′ ) una di seguito all’altra senza lasciare spazi vuoti.<\/p>\n

Scegliete di confrontarli con l’intera banca dati delle sequenze nucleotidiche selezionando nel menu a tendina accanto alla parola “Database” l’opzione “Nucleotide collection (nr\/nt)”<\/p>\n

Scegliete inoltre di cercare sequenze simili ma non identiche (dato che in mezzo fra i due primer ci aspettiamo di trovare altri nucleotidi) selezionando nella sezione “Program Selection” l’opzione “Somewhat similar sequences (blastn)”<\/p>\n

A questo punto cliccate sul pulsante azzurro BLAST\u00a0in basso a sinistra .. e guardiamo insieme il risultato:<\/p>\n

Il grafico riassuntivo dei risultati di Blast<\/h4>\n

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Un codice di colori indica la lunghezza<\/strong> degli allineamenti ottenuti e il grafico a barre mostra l’estensione<\/strong> degli allineamenti fra le sequenze trovate in banca dati e la sequenza “query” (ovvero quella che abbiamo chiesto di cercare). Nelle prime due barre si vede anche che c’\u00e8 un’interruzione (una lineetta nera\u00a0interrompe la barra blu), l’allineamento non \u00e8 continuo.<\/p>\n

I parametri statistici degli allineamenti ci consentono di dare un significato ai risultati che abbiamo ottenuto<\/h4>\n

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Query cover<\/strong> indica la percentuale di sequenza query che \u00e8 stata allineata su una sequenza presente nella banca dati<\/p>\n

E value<\/strong> indica la probabilit\u00e0 che quel risultato di allineamento sia imputabile al caso<\/p>\n

Ident <\/strong>indica la percentuale di identit\u00e0 fra le due sequenze allineate<\/p>\n

Analisi degli allineamenti significativi<\/h4>\n

Selezioniamo ora e analizziamo uno per volta gli allineamenti significativi cliccando sul nome della sequenza in blu oppure facendo scorrere la pagina.<\/p>\n

Leggiamo con attenzione lo schema riassuntivo delle informazioni riguardanti la sequenza presente in banca dati che si allinea alla nostra e i guardiamo i dettagli dell’allineamento<\/p>\n

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