- \n
- la sequenza del DNA di una cellula \u00e8 necessaria e sufficiente per\u00a0determina come funziona e come appare quella cellula. Cosa succede infatti se sintetizziamo\u00a0il DNA di un certo organismo e lo infiliamo nel nucleo di una cellula\u00a0privata del suo DNA? La seconda cellula a poco a poco diventa uguale all’organismo da cui abbiamo copiato il DNA, lo ha fatto\u00a0Craig Venter e a questo link potete leggere la notizia riportata da Scientific American<\/a>! \u00a0(“uguale all’organismo da cui abbiamo copiato il DNA” questa affermazione \u00e8 vera QUASI\u00a0del tutto.. – video sulle ultime frontiere dello studio del DNA: l’epigenetica<\/a>)<\/li>\n
- la sequenza del DNA pu\u00f2 essere rappresentata come una sequenza di lettere,\u00a0ovvero\u00a0un testo, che possiamo studiare e analizzare con l’aiuto dell’informatica.<\/li>\n<\/ul>\n
![\"indovinachi\"](\"https:\/\/sperimentando.com\/wp-content\/uploads\/2015\/10\/indovinachi.jpeg\")
<\/p>\nRiprendiamo proprio dove ci eravamo lasciati facendo un gioco: indovina chi<\/p>\n
![\"che](\"https:\/\/sperimentando.com\/wp-content\/uploads\/2015\/10\/58703_3.jpg\")
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Vi fornir\u00f2 una sequenza di DNA, sar\u00e0 come avere una carta coperta che rappresenta la persona o l’animale o il microbo che dovete indovinare. Facendo le giuste\u00a0domande riuscirete ad indovinare che apparenza ha e come \u00e8 fatto l’individuo nascosto. Immagino che abbiate gi\u00e0 giocato ad indovina chi no? questa sar\u00e0 la versione “zoo”, non \u00e8 detto che chi si nasconde dietro la carta sia necessariamente un individuo del genere Homo, potrebbe appartenere a qualsiasi specie!<\/p>\n
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![\"che](\"https:\/\/sperimentando.com\/wp-content\/uploads\/2015\/10\/A0123922_10_copia_large.jpg\")
<\/p>\nEccovi la carta incognita da mettere in testa: sequenzaDNAignota.fasta<\/a><\/p>\n
Ecco come facciamo passo per passo a indovinare di chi si tratta:<\/p>\n
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- apriamo il file con la sequenza e leggiamo l’intestazione (vi ricordate l’intestazione?)<\/li>\n
- copiamo la sequenza e usiamo un algoritmo di allineamento chiamato “Blast”\u00a0per confrontare la sequenza con la banca dati di sequenze note e raccogliere informazioni:\n
- \n
- cliccate su questo link per accedere al programma blast on line<\/a><\/li>\n
- incollate la vostra sequenza nella finestra in alto”Enter accession number(s), gi(s), or FASTA sequence(s)”<\/li>\n
- quindi scegliete di cercare nella banca dati che contiene tutte le sequenze di nucloetidi (\u00e8 l’impostazione standard, non occorre modificare niente)<\/li>\n
- cliccate infondo a sinistra sul bottone “BLAST” e attendete il risultato<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n
- ora leggiamo insieme il risultato del blast e cerchiamo di rispondere a queste domande:\n
- \n
- c’\u00e8 una sequenza identica alla nostra nella banca dati?<\/li>\n
- che funzione codifica il nostro gene?<\/li>\n
- qual’\u00e8 il nome scientifico dell’organismo a cui appartiene?<\/li>\n
- questo organismo ha i baffi? e\u00a0gli occhiali? \u00e8 pelato?<\/li>\n
- qual \u00e8 il suo nome comune?<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n
- Scrivete le risposte a queste domande in un file blocconote<\/li>\n<\/ul>\n
Se il gioco vi \u00e8 piaciuto potete ripeterlo con questa nuova carta<\/a>, le procedure sono le stesse e queste saranno le domande:<\/p>\n
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- c’\u00e8 una sequenza identica alla nostra nella banca dati?<\/li>\n
- che funzione codifica il nostro gene?<\/li>\n
- a che classe di organismi appartiene il nostro organismo ignoto?<\/li>\n
- sapreste\u00a0trovare qualche immagine degli organismi di questa classe in rete?<\/li>\n
- riportate la risposta nel solito file blocconote che avete aperto prima<\/li>\n<\/ul>\n
Ora cambiamo un po’ il gioco e andiamo in cerca di una persona. S\u00ec, avete capito bene, di una persona con nome e cognome a partire da qualche sequenza di lettere del suo DNA. Questa \u00e8 la SequenzaUmanaIgnota<\/a>\u00a0e ora vi spiego come facciamo:<\/p>\n
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- apriamo il file con la sequenza\u00a0in un nuovo tab<\/li>\n
- copiamo la sequenza e usiamo \u00a0“Blast”\u00a0per confrontare la sequenza con la banca dati di sequenze note, ma stavolta scegliamo accuratamente la sezione della banca dati che ci interessa:\n
- \n
- cliccate su questo link per accedere al programma blast on line<\/a><\/li>\n
- incollate la vostra sequenza nella finestra in alto “Enter accession number(s), gi(s), or FASTA sequence(s)”<\/li>\n
- quindi scegliete di cercare nella banca dati “Whole-genome shotgun contigs (wgs)”\u00a0usando il men\u00f9 a tendina. Si tratta della raccolta dei pezzettini di sequenze ottenute durante i progetti di sequenziamento di interi genomi<\/li>\n
- inoltre decidete di limitare la ricerca alle sole sequenze umane, visto che possedete gi\u00e0 questa informazione. Potete farlo cliccando sull’opzione “organism” accanto alle parole “limit by” e scrivendo nella finestrella “Homo sapiens (taxid:9606)”<\/li>\n
- cliccate infondo a sinistra sul bottone “BLAST” e attendete il risultato<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n
- ora leggiamo insieme il risultato del blast e cerchiamo di rispondere a queste domande:\n
- \n
- c’\u00e8 una sequenza identica alla nostra nella banca dati?<\/li>\n
- cliccando su questa sequenza e seguendo i link otteniamo una pagina ricca di informazioni.. che ci serviranno per rispondere alle seguenti domande:\n
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- la persona in questione ha i capelli o \u00e8 pelata?<\/li>\n
- ha i baffi?<\/li>\n
- che lavoro fa?<\/li>\n
- perch\u00e8 lo conosciamo e qual’\u00e8 il suo nome?<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<\/ul>\n
Dal 2008 ad oggi, i\u00a0genomi di molti individui sono stati sequenziati. Molti di questi dati sono privati, ma molti altri sono a disposizione nelle banche dati pubbliche. Le ragioni principali per cui sequenziamo riguardano:<\/p>\n
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- il nostro interesse per le peculiarit\u00e0 delle persone provenienti da aree\u00a0geografiche diverse. Questo ad esempio ci ha portato a scoprire che le razze umane non esistono e molto altro<\/li>\n
- il nostro interesse per le malattie che ancora non sappiamo spiegare e curare. In tutto il mondo da anni si stanno costruendo mappe della localizzazione sul genoma di nucleotidi associati a stati patologici, magari in combinazione con altri. Tutti questi dati sono pubblici e costanetemente aggiornati.. ma il completamento della mappa \u00e8 ancora lontano..<\/li>\n<\/ul>\n
E voi, che informazioni cerchereste nei genomi?<\/p>\n
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“L’impronta digitale”<\/h1>\n
![\"fingerprint\"](\"https:\/\/sperimentando.com\/wp-content\/uploads\/2015\/10\/fingerprint.jpeg\")
<\/a><\/p>\nOgnuno di noi ha un aspetto e un funzionamento molto complessi, ma abbiamo cercato un modo per identificare una persona senza doverla guardare proprio tutta, guardando solo un piccolo dettaglio che \u00e8 unico per ciascuno di noi e pertanto ci identifica. Ad esempio l’impronta delle nostre dita sembra essere un dettaglio abbastanza unico, pertanto prendendo l’impronta digitale\u00a0ad uno sconosciuto e confrontandola con le impronte presenti in una banca dati, possiamo dire se quell’individuo corrisponde ad una delle persone schedate ed eventualmente chi \u00e8, senza bisogno di prendere le misure di tutti i dettagli della sua intera persona.<\/p>\n
Nello stesso modo ci siamo chiesti: \u00e8 possibile leggere\u00a0un solo pezzetto di DNA senza doverlo leggere proprio tutto, per poter dire, difronte ad un organismo sconosciuto, se lo abbiamo\u00a0gi\u00e0 incontrato\u00a0e di chi si tratta?<\/p>\n
La risposta \u00e8 che \u00e8 possibile e abbiamo trovato vari modi per farlo\u00a0con gli individui della specie umana. Una delle tecniche pi\u00f9 diffuse si chiama DNA fingerprinting<\/a>
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- cliccate su questo link per accedere al programma blast on line<\/a><\/li>\n
- cliccate su questo link per accedere al programma blast on line<\/a><\/li>\n
- la sequenza del DNA pu\u00f2 essere rappresentata come una sequenza di lettere,\u00a0ovvero\u00a0un testo, che possiamo studiare e analizzare con l’aiuto dell’informatica.<\/li>\n<\/ul>\n